2022年06期

马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞全长转录组测序与分析

作  者 王菁, 李桂英, 陈志炜, 郭焕娣, 龚晓晴, 王忠良
第一作者 王菁
作者单位 广东海洋大学水产学院,广东湛江
卷  号 50
发表年份 2022
发表刊期 6
发表页面 86-90
关  键  字 马氏珠母贝;全长转录组;SSR标记;可变剪切
摘  要 [目的]开发马氏珠母贝(Pinctada fucata)基因组资源,挖掘功能基因。[方法]以马氏珠母贝血细胞为试材,利用单分子实时技术(singlemolecule real time,SMRT)进行全长转录组测序,并对所获得unigenes进行功能注释和基因结构分析。[结果]共获得277 064条全长非嵌合序列和82 381个基因。经过比对nr、SwissProt、KEGG 和 KOG数据库进行注释和功能分类后,共得到59 621个注释基因。同时,在8 493条基因中共发现11 219个SSR位点,其中以二核苷酸重复基元类型最高(50.9%)。生物信息学分析鉴定得到20 013个lncRNA、2 004个转录因子、10 522个可变剪切分析位点。[结论]使用SMRT技术能够深入挖掘马氏珠母贝全长转录组数据,为进一步探讨马氏珠母贝功能基因的挖掘、免疫响应及遗传机制的研究提供可靠的基因组资源。 
附  件 马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞全长转录组测序与分析
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